קורס "יהדות גרמניה לנוכח אתגריה המודרניזציה" הוא קורס המשך של "יהודים בעידן של תמורות" שבו נלמדו התמורות והתהליכים שהתרחשו בריכוזי היהדות בעולם בעקבות המודרניזציה ובקורס זה הסטודנט מעמיק את הידע שלו בנושא הספציפי בקהילות יהודי גרמניה.
הלימוד בקורס מבוסס על הספר "בין יחוד לטמיעה של יהודי גרמניה 1918-1780" שנכתב על ידי שולמית וולקוב ובנוסף יש ללמוד את ספרי הקורס. התכנים בספר כוללים את תנועת ההשכלה היהודית שתפסה חזק מאוד בקרב יהודי גרמניה שהיו משכילים מאוד והשתלבו היטב ערב מלחמות העולם והיו מוצלחים מאוד והתברגו היטב בצמרת הכלכלית והפוליטית בגרמניה של שנים אלו למרות שינאה שהוסתרה היטב כלפיהם. האמונה שהשתלבות תחבר אותם לאומה הגרמנית דפה יהודים רבים בגרמני להשכלה.
יהדות גרמניה קיבלה אמנציפציה (שוויון זכויות מלא) וראתה זאת כאור ירוק להמשך השתלבות בתעסוקה ובחברה הגרמנית בכלל , חכמי ישראל בגרמניה והעומק בה הם למדו היתה מיוחדת במינה , הקורס עוסק עוד בזרמים הדתיים בתוככי הקהילה היהודית בגרמניה שכללו חסידוית שונות וזרמי משנה קטנים שחיו במקביל ויחד בהרמוניה.
בשלהי המאה ה19 היהודים מתחילים להשתייך לזרמים פוליטיים שונים בתוך הקהילה היהודית. היהודים החלו להשתלב בפוליטיקה ולהשפיע בכוחם הכלכלי והדרייב להצלחה וגרמו לקינאה ושינאה רבה שחזרה שנים מאוחר יותר כבומרנג בדמות השואה , פרק זמן מורכב אך היהדות באירופה ובגרמניה היתה בשיא פריחתה ונהנתה מחזון , יצירה והשתלבות בקהילה.